| TCF Vzduchotechnika | Prachatice | 5 | těkavé organické látky (VOC) 5,0 t | 0,53 MW |
| M-Technika s.r.o. | Prachatice | 5 | těkavé organické látky (VOC) 2,4 t | 1,65 MW |
| Vishay Elektronic spol. s r.o. - provoz Prachatice 1 | Prachatice | 5 | organické látky vyjádřené jako cel 0,1 t | 0,53 MW |
| Domov pro seniory Stachy - Kůsov | Stachy | 5 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,0 t | 0,72 MW |
| STRABAG Asfalt s.r.o. - Obalovna Těšovice | Těšovice | 4 | oxidy síry vyjádřené jako oxid siř 12,0 t | nevykázán |
| Tepelné hospodářství Prachatice s.r.o. - kotelna IV. | Prachatice | 4 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 11,1 t | 24,72 MW |
| ZEAS AGRO a.s. - Netolice | Malovice | 4 | oxid uhelnatý (CO) 9,1 t | 1,24 MW |
| BACHL, spol. s r.o. | Bohumilice | 4 | těkavé organické látky (VOC) 5,2 t | 1,25 MW |
| OV Media s.r.o. | Vimperk | 4 | těkavé organické látky (VOC) 1,8 t | 1,19 MW |
| MOLDA s.r.o. - výroba obrazových lišt a rámů | Volary | 4 | těkavé organické látky (VOC) 0,8 t | 0,30 MW |
| TCS s.r.o. | Těšovice | 4 | těkavé organické látky (VOC) 1,0 t | 1,04 MW |
| CZECH DOOR a.s. - provozovna Těšovice | Těšovice | 4 | těkavé organické látky (VOC) 0,3 t | 0,33 MW |
| ERDING a.s. - kotelna SNP Lhenice | Lhenice | 4 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,0 t | 0,40 MW |
| Energie AG Teplo Vimperk s.r.o. - biomasa | Vimperk | 3 | oxid uhelnatý (CO) 6,8 t | 6,11 MW |
| ZEOS BIOPLYN - BPS Strunkovice nad Blanicí | Strunkovice nad Blanicí | 3 | oxid uhelnatý (CO) 6,6 t | 1,29 MW |
| BIOPROFIT s.r.o. - Bioplynová stanice Chroboly II | Chroboly | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 3,8 t | 1,34 MW |
| Technické služby - kotelna Nová Pec | Nová Pec | 3 | oxid uhelnatý (CO) 2,7 t | 3,95 MW |
| DŘEVO-PALETY-VLK s.r.o. - Buk | Buk | 3 | tuhé znečišťující látky (TZL) 2,2 t | 1,36 MW |
| LADISLAV BOŘÍK - kotelna STACHY | Zdíkov | 3 | oxid uhelnatý (CO) 1,4 t | 0,78 MW |
| Energetické služby Volary - výtopna | Volary | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,5 t | 6,76 MW |
| Obec Zdíkov - Zdíkov | Zdíkov | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,6 t | 1,49 MW |
| REINFURT-ČR | Prachatice | 3 | těkavé organické látky (VOC) 0,8 t | 0,61 MW |
| VISHAY ELEKTRONIC spol. s r.o. - provoz Prachatice 2 | Prachatice | 3 | organické látky vyjádřené jako cel 0,2 t | nevykázán |
| FRISCHBETON betonárna Těšovice | Těšovice | 3 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,2 t | 0,35 MW |
| FRISCHBETON Vimperk | Vimperk | 3 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,2 t | 0,72 MW |
| GRW ČR s.r.o. | Prachatice | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,1 t | 0,61 MW |
| Energie AG Teplo Vimperk - KOTELNA ROKLE, ulice Lučn | Vimperk | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,0 t | 9,92 MW |
| Aptar Czech Republic s.r.o. | Čkyně | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,0 t | 0,46 MW |
| Jaroslava Hošnová BPS Vlčí Jámy | Lenora | 2 | oxid uhelnatý (CO) 4,1 t | 0,73 MW |
| RAMULUS a.s. - BPS Chroboly | Chroboly | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 3,3 t | 1,53 MW |
| Nemocnice Prachatice, a.s. - Kotelna nemocnice Prach | Prachatice | 2 | oxid uhelnatý (CO) 1,4 t | 6,42 MW |
| Mgr. Květoslava Kaincová - Lakovna JAROKAI | Čkyně | 2 | organické látky vyjádřené jako cel 1,6 t | nevykázán |
| Vishay Electronic spol. s r.o. - provozovna Volary | Volary | 2 | těkavé organické látky (VOC) 0,2 t | nevykázán |
| ROHDE & SCHWARZ závod Vimperk, s.r.o. | Vimperk | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,1 t | 3,32 MW |
| Šumava správa nemovitostí s.r.o. | Prachatice | 2 | oxid uhelnatý (CO) 0,1 t | 1,01 MW |
| Kámen a písek spol. s r.o. - kamenolom Kobylí Hora | Prachatice | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 1,5 t | nevykázán |
| KAMENOLOMY ČR s.r.o. - kamenolom Těšovice | Těšovice | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,9 t | nevykázán |
| KOH-I-NOOR GRAFIT s.r.o. | Netolice | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,7 t | nevykázán |
| Reno Šumava a.s. - Vimperk, Sudslavice | Vimperk | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,4 t | nevykázán |
| RENO Šumava a.s. - Lom pod Libínem | Prachatice | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,4 t | nevykázán |
| KLIMA s.r.o. | Prachatice | 1 | těkavé organické látky (VOC) 0,3 t | nevykázán |
| BETON - Těšovice, spol. s r.o., 383 01 | Těšovice | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,2 t | nevykázán |
| Pila Hracholusky | Hracholusky | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,1 t | nevykázán |
| LESOTRANS s.r.o. - Pila Vimperk | Vimperk | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,1 t | nevykázán |
| Květiny - Rychločistírna, veřejná obchodní společnos | Prachatice | 1 | těkavé organické látky (VOC) 0,1 t | nevykázán |
| Technické služby Prachatice - skládka L. Sedlo | Prachatice | 1 | methan 0,1 t | nevykázán |
| Dřevoprofil spol. s r.o. | Vrbice | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,1 t | nevykázán |
| Technické služby - Kompostárna | Prachatice | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,1 t | nevykázán |
| Městské služby Vimperk, s.r.o., skládka Pravětín | Vimperk | 1 | methan 0,1 t | nevykázán |
| ČR Beton - betonárna Vimperk | Vimperk | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,1 t | nevykázán |
| ČR Beton - betonárna Prachatice | Prachatice | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,0 t | nevykázán |
| Reno Šumava - Kamenolom Výškovice | Vimperk | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,0 t | nevykázán |
| Václav Holík pila Vimperk | Vimperk | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,0 t | nevykázán |
| INOS-SERVIS s.r.o. Vlachovo Březí | Vlachovo Březí | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,0 t | nevykázán |
| PROSTOR-design, s.r.o. | Prachatice | 1 | organické látky vyjádřené jako cel 0,0 t | nevykázán |
| VISHAY ELEKTRONIC spol. s r.o. - provoz Prachatice 3 | Prachatice | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,0 t | nevykázán |
| Energetické služby Volary - kotelna ZŠ | Volary | — | nevykázáno | nevykázán |
| HUTES s.r.o. - bloková kotelna | Husinec | — | nevykázáno | nevykázán |
| LARM a.s. - kotelna Netolice | Netolice | — | nevykázáno | nevykázán |
| RoBiN OIL s.r.o. - ČS PHM Volary | Volary | — | nevykázáno | nevykázán |
| STS Prachatice a.s. - čerpací stanice PHM Těšovice | Těšovice | — | nevykázáno | nevykázán |
| Technické služby města Netolice spol. s r.o. - Tržní | Netolice | — | nevykázáno | nevykázán |
| KVINT Vlachovo Březí spol. s r.o. - ČS PHM | Lipovice | — | nevykázáno | nevykázán |
| Hasičský záchranný sbor Jihočeského kraje - ÚO Prach | Prachatice | — | nevykázáno | nevykázán |
| Prima Agri PT a.s. - sušička obilí | Prachatice | — | nevykázáno | nevykázán |
| AUTODOPRAVA FORMAN s.r.o. - autodoprava Prachatice | Prachatice | — | nevykázáno | nevykázán |
| HATZ CZ, s.r.o. - kotelna | Vlachovo Březí | — | nevykázáno | nevykázán |
| ERDING a.s. - kotelna ZŠ Lhenice | Lhenice | — | nevykázáno | nevykázán |
| ERDING a.s. - kotelna OÚ Lhenice | Lhenice | — | nevykázáno | nevykázán |
| ČEVAK a.s. - ČOV Prachatice | Prachatice | — | nevykázáno | nevykázán |