| STYL, výrobní družstvo knoflíkářů | Studená | 6 | těkavé organické látky (VOC) 1,3 t | 0,77 MW |
| TEBO, a.s. | Nová Včelnice | 6 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,3 t | 5,43 MW |
| BIOPLYN Třeboň spol. s r.o. | Třeboň | 5 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 9,8 t | 2,02 MW |
| DELTA Kardašova Řečice, a.s. - Kardašova Řečice | Kardašova Řečice | 5 | oxid uhelnatý (CO) 5,9 t | 4,06 MW |
| BIOPLYN Třeboň spol. s r.o. - Bioplynová stanice | Třeboň | 5 | oxid uhelnatý (CO) 3,1 t | 0,47 MW |
| ALPENEST s.r.o. | Horní Skrýchov | 5 | oxid uhelnatý (CO) 1,0 t | 0,94 MW |
| Teplospol a.s. - Kotelna KO01JH | Jindřichův Hradec | 5 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,1 t | 31,85 MW |
| Eaton Elektrotechnika s.r.o. | Suchdol nad Lužnicí | 5 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,4 t | 1,52 MW |
| Bohemia Regent a.s. | Třeboň | 5 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,3 t | 8,67 MW |
| Teplospol a.s. - Kotelna KO02JH | Jindřichův Hradec | 5 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,2 t | 7,37 MW |
| SIGNUM spol. s r.o. - závod 03 Deštná u Jindřichova | Deštná | 5 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,2 t | 0,32 MW |
| Teplospol a.s. - Kotelna KO01DA | Dačice | 5 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,1 t | 5,13 MW |
| Energetické centrum s.r.o. | Jindřichův Hradec | 4 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 57,8 t | 32,63 MW |
| STAGRA, spol. s r.o. - Jilem BPS | Jilem | 4 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 5,9 t | 2,23 MW |
| KOMTERM kotelna KO 03 JH | Jindřichův Hradec | 4 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 3,1 t | 7,06 MW |
| PKD, s.r.o. - Dačice | Dačice | 4 | těkavé organické látky (VOC) 4,3 t | 1,59 MW |
| Krahulík-MASOZÁVOD Krahulčí, a.s. - provoz Studená | Studená | 4 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,9 t | 5,45 MW |
| Služby města Jindřichův Hradec s.r.o. - krematorium | Jindřichův Hradec | 4 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,9 t | nevykázán |
| Dual Borgstena Textile Czech Republic s.r.o. | Jindřichův Hradec | 4 | organické látky vyjádřené jako cel 0,2 t | 2,06 MW |
| TECNOCAP s. r. o. | Střížovice | 3 | těkavé organické látky (VOC) 29,8 t | 7,29 MW |
| KROW, s.r.o.,Bioplynová stanice Cizkrajov | Cizkrajov | 3 | oxid uhelnatý (CO) 11,1 t | 1,85 MW |
| Zemědělské družstvo Hříšice-BPS Hříšice | Hříšice | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 10,4 t | 2,80 MW |
| LUČINA BPS | Kostelní Vydří | 3 | oxid uhelnatý (CO) 10,8 t | 1,44 MW |
| Rolnické družstvo PLEVIS - Bioplynová stanice Pleše | Pleše | 3 | oxid uhelnatý (CO) 9,2 t | 1,31 MW |
| Magna Cartech s.r.o. - České Velenice | České Velenice | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 7,4 t | nevykázán |
| Lihovar Budeč spol. s r.o. - Budeč | Budeč | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 5,2 t | 0,97 MW |
| RAPOL s.r.o. | Jindřichův Hradec | 3 | těkavé organické látky (VOC) 3,9 t | 1,03 MW |
| Obec Dešná - Dešná | Dešná | 3 | oxid uhelnatý (CO) 1,9 t | 5,00 MW |
| LB MINERALS, s.r.o. - VJ Třeboňsko, pracoviště Nová | Nová Ves nad Lužnicí | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 2,0 t | 0,32 MW |
| THK RYTHM Dačice | Dačice | 3 | těkavé organické látky (VOC) 1,8 t | 10,30 MW |
| Wotan Forest, a.s., Provozy Slavonice | Slavonice | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,5 t | 2,35 MW |
| Městys Staré Město pod Landštejnem kotelna na spalov | Staré Město pod Landštejnem | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,2 t | 3,14 MW |
| LB Cemix, s.r.o. - pracoviště Nová Ves nad Lužnicí | Nová Ves nad Lužnicí | 3 | tuhé znečišťující látky (TZL) 1,1 t | nevykázán |
| Wotan Forest, a.s., Hoblárna Slavonice | Slavonice | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,6 t | 0,42 MW |
| SWIETELSKY Obalovna Jindřichův Hradec | Dolní Pěna | 3 | oxid uhelnatý (CO) 0,7 t | nevykázán |
| PEVARO s.r.o. - Lomnice nad Lužnicí | Lomnice nad Lužnicí | 3 | těkavé organické látky (VOC) 0,4 t | nevykázán |
| BOHEMIA VITAE J. Hradec, a.s. - Stráž nad Nežárkou | Stráž nad Nežárkou | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,4 t | 0,58 MW |
| SANTAL, spol. s r.o. - výroba nábytku | Třeboň | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,2 t | nevykázán |
| PTR Strojní závod Třeboň s.r.o. - lakovna | Třeboň | 3 | organické látky vyjádřené jako cel 0,1 t | nevykázán |
| HELTOS, a.s. - Slavonice | Slavonice | 3 | těkavé organické látky (VOC) 0,0 t | 0,33 MW |
| Věroslav Tůma | Cizkrajov | 3 | těkavé organické látky (VOC) 0,0 t | nevykázán |
| AGRA Deštná, a.s. | Deštná | 2 | oxid uhelnatý (CO) 16,2 t | 4,28 MW |
| EUROFARMS AGRO-B s.r.o. - bioplynová stanice Kardašo | Kardašova Řečice | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 11,1 t | 2,47 MW |
| Zemědělské družstvo Kunžak | Kunžak | 2 | oxid uhelnatý (CO) 9,2 t | 2,87 MW |
| ZP Hospříz, a.s. - středisko Hospříz | Hospříz | 2 | oxid uhelnatý (CO) 7,5 t | 2,97 MW |
| Zemědělská společnost Staré Hobzí - Dačice, Chlumec | Dačice | 2 | oxid uhelnatý (CO) 6,4 t | 1,30 MW |
| Zemědělské družstvo Budíškovice - Budíškovice | Budíškovice | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 7,1 t | 3,13 MW |
| E.ON Energy Solutions - KJ Dačice | Dačice | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 2,8 t | 1,90 MW |
| E.ON Energie, a.s. - KJ Dačice | Dačice | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 2,7 t | 1,90 MW |
| AVE CZ odpadové hospodářství s.r.o. - Jindřichův Hra | Jindřichův Hradec | 2 | oxid uhelnatý (CO) 1,9 t | 0,39 MW |
| E.ON Energy Solutions - KJ Dačice, THK | Dačice | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 2,2 t | 2,38 MW |
| E.ON Energie, a.s. - KJ Dačice - THK | Dačice | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,6 t | 2,38 MW |
| MADETA a.s. závod Jindřichův Hradec | Jindřichův Hradec | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,6 t | 17,00 MW |
| Slatinné lázně Třeboň s.r.o. - Lázně Aurora - koteln | Třeboň | 2 | oxid uhelnatý (CO) 0,9 t | 7,26 MW |
| Nemocnice Jindřichův Hradec, a.s. | Jindřichův Hradec | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,2 t | 7,29 MW |
| E.ON Energie, a.s. - KJ Bertiny lázně Třeboň | Třeboň | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,1 t | 0,95 MW |
| E.ON Energy Solutions - KJ Bertiny lázně Třeboň | Třeboň | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,0 t | 0,95 MW |
| E.ON Energy Solutions - KJ Nová Bystřice | Nová Bystřice | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,8 t | 0,54 MW |
| E.ON Energie, a.s. - KJ Nová Bystřice | Nová Bystřice | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,7 t | 0,54 MW |
| E.ON Energy Solutions - KJ Chlum u Třeboně | Chlum u Třeboně | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,6 t | 0,55 MW |
| E.ON Energie, a.s. - KJ Chlum u Třeboně | Chlum u Třeboně | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,5 t | 0,55 MW |
| LAMITEX Vyhnal s.r.o. | Hamr | 2 | těkavé organické látky (VOC) 0,3 t | nevykázán |
| Kasalova pila, s.r.o. - Jindřichův Hradec | Jindřichův Hradec | 2 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,3 t | nevykázán |
| Kovopor Strmilov, s.r.o. - Strmilov | Strmilov | 2 | těkavé organické látky (VOC) 0,4 t | nevykázán |
| TUPA spol. s r.o. - Kardašova Řečice | Kardašova Řečice | 2 | těkavé organické látky (VOC) 0,2 t | nevykázán |
| DK OPEN, spol. s r.o. - Jindřichův Hradec | Jindřichův Hradec | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,3 t | 1,22 MW |
| Federal-Mogul Valvetrain s.r.o. | Dačice | 2 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,3 t | nevykázán |
| FERRA | Jindřichův Hradec | 2 | těkavé organické látky (VOC) 0,2 t | nevykázán |
| Husky-KTW s.r.o. | Dolní Pěna | 2 | těkavé organické látky (VOC) 0,1 t | nevykázán |
| Nemocnice Dačice, a.s. | Dačice | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,1 t | 1,52 MW |