| Jihostroj a.s. , provoz Velešín | Velešín | 6 | těkavé organické látky (VOC) 5,7 t | 3,47 MW |
| CARTHAMUS a.s. - Energoblok Domoradice | Přísečná | 5 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 86,5 t | 36,90 MW |
| Schwan-STABILO ČR,s.r.o. | Český Krumlov | 5 | těkavé organické látky (VOC) 9,1 t | 4,25 MW |
| Schwan Cosmetics CR, s.r.o. - Závod A | Český Krumlov | 5 | těkavé organické látky (VOC) 5,4 t | 4,34 MW |
| Lira s.r.o. | Český Krumlov | 5 | oxid uhelnatý (CO) 3,0 t | 4,88 MW |
| AGRIO MZS s.r.o. - lakovna Mříč | Křemže | 5 | organické látky vyjádřené jako cel 2,0 t | 1,13 MW |
| SGA Schody s.r.o. - Kaplice, nádraží | Střítež | 5 | oxid uhelnatý (CO) 0,7 t | 0,94 MW |
| Brawe,spol.s.r.o. | Kaplice | 5 | oxid uhelnatý (CO) 1,0 t | 0,32 MW |
| HAUSER spol. s r.o. - Kaplice | Kaplice | 5 | oxidy síry vyjádřené jako oxid siř 0,5 t | 3,11 MW |
| Teplárna Loučovice | Loučovice | 4 | oxid uhelnatý (CO) 175,5 t | 46,54 MW |
| Technické služby Kaplice spol. s r.o. - městská výto | Kaplice | 4 | oxidy síry vyjádřené jako oxid siř 64,1 t | 17,95 MW |
| EKOPALIVO BOHEMIA s.r.o., Výroba dřevěných briket | Přídolí | 4 | oxid uhelnatý (CO) 22,7 t | nevykázán |
| AGROMACH BPS | Věžovatá Pláně | 4 | oxid uhelnatý (CO) 6,3 t | 1,16 MW |
| Linde Pohony s.r.o. - závod Český Krumlov | Český Krumlov | 4 | organické látky vyjádřené jako cel 4,4 t | 3,25 MW |
| Veolia Energie ČR, a.s. - 891 Horní Planá, Sídliště | Horní Planá | 4 | oxid uhelnatý (CO) 3,5 t | 4,72 MW |
| Engel strojírenská spol. s r.o. | Kaplice | 4 | těkavé organické látky (VOC) 2,3 t | 7,40 MW |
| GK-Mont s.r.o | Horní Planá | 4 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,3 t | 0,35 MW |
| MAGNUS Produktion CZ k.s. Černá v Pošumaví | Černá v Pošumaví | 4 | oxid uhelnatý (CO) 0,2 t | 0,43 MW |
| JIP - Papírny Větřní, a.s. | Větřní | 3 | oxid uhelnatý (CO) 3,0 t | nevykázán |
| Domov důchodců Horní Planá | Horní Planá | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,7 t | 0,43 MW |
| Velimpex s.r.o. Dřevovýroba | Mirkovice | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 2,3 t | 0,63 MW |
| Rotom Czech dřevovýroba | Střítež | 3 | oxid uhelnatý (CO) 2,0 t | 0,65 MW |
| Cisterciácké opatství Vyšší Brod - Kotelna | Vyšší Brod | 3 | tuhé znečišťující látky (TZL) 1,2 t | 0,54 MW |
| SWIETELSKY Obalovna Kájov | Kájov | 3 | oxid uhelnatý (CO) 0,9 t | nevykázán |
| Rájovská s.r.o. | Dolní Třebonín | 3 | organické látky vyjádřené jako cel 0,8 t | nevykázán |
| Energie_Horní Planá | Horní Planá | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,4 t | 4,72 MW |
| ENERGO - Mříč | Křemže | 3 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,4 t | nevykázán |
| GMA Stanztechnik Kaplice spol. s r.o. - Kaplice, Poh | Kaplice | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,0 t | 1,37 MW |
| ZEMOS BPS Chabičovice | Mirkovice | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 13,4 t | 2,41 MW |
| AIC Processing s.r.o. | Bujanov | 2 | těkavé organické látky (VOC) 9,3 t | nevykázán |
| Ing. Jiří Valter BPS Milná | Frymburk | 2 | oxid uhelnatý (CO) 4,0 t | 0,58 MW |
| Energograss s.r.o. Bioplynová stanice Kyselov | Vyšší Brod | 2 | oxid uhelnatý (CO) 2,8 t | 1,88 MW |
| E.ON Energy Solutions - KJ Velešín, Sídliště | Velešín | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 2,9 t | 1,89 MW |
| E.ON Energie, a.s. - KJ Velešín, Sídliště | Velešín | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 2,8 t | 1,89 MW |
| E.ON Energie, a.s. - KJ Větřní, Urbal | Větřní | 2 | oxid uhelnatý (CO) 1,6 t | 1,42 MW |
| Energie Markvartická | Zubčice | 2 | oxid uhelnatý (CO) 1,9 t | 0,57 MW |
| ENE20 s.r.o. - Spalovací zařízení kotelny K3 | Větřní | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 2,9 t | 27,47 MW |
| Sušárna Loučovice | Loučovice | 2 | organické látky vyjádřené jako cel 1,7 t | nevykázán |
| E.ON Energie, a.s. - KJ Větřní, Sad Míru | Větřní | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,6 t | 1,42 MW |
| E.ON Energy Solutions - KJ Větřní, Sad Míru | Větřní | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,3 t | 1,42 MW |
| E.ON Energy Solutions - KJ Větřní, Urbal | Větřní | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,1 t | 1,42 MW |
| GRAFOBAL Bohemia s.r.o. | Holubov | 2 | těkavé organické látky (VOC) 1,7 t | nevykázán |
| E.ON Energy Solutions - KJ Český Krumlov, Špičák | Český Krumlov | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,1 t | 1,34 MW |
| E.ON Energy Solutions - KJ Český Krumlov, Plešivec | Český Krumlov | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,0 t | 1,34 MW |
| Nemocnice Český Krumlov, a.s. | Český Krumlov | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,0 t | 7,36 MW |
| E.ON Energie, a.s. - KJ Č. Krumlov, Plešivec | Český Krumlov | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,9 t | 1,34 MW |
| E.ON Energie, a.s. - KJ WELLNESS Hotel Frymburk | Frymburk | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,0 t | 0,95 MW |
| E.ON Energie, a.s. - KJ Č. Krumlov, Špičák | Český Krumlov | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,9 t | 1,34 MW |
| Tiskárna Vyšehrad s.r.o. Český Krumlov | Český Krumlov | 2 | těkavé organické látky (VOC) 0,6 t | nevykázán |
| E.ON Energy Solutions - KJ WELLNESS Hotel Frymburk | Frymburk | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,9 t | 0,95 MW |
| Zambelli - technik, spol. s r. o. | Český Krumlov | 2 | těkavé organické látky (VOC) 0,8 t | nevykázán |
| E.ON Energy Solutions - KJ Velešín, Nad Cihelnou | Velešín | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,5 t | 0,34 MW |
| E.ON Energie, a.s. - KJ Velešín, Nad Cihelnou | Velešín | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,4 t | 0,34 MW |
| KOMTERM - Vyšší Brod Míru | Vyšší Brod | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,2 t | nevykázán |
| MADETA a.s. Český Krumlov | Český Krumlov | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,2 t | 8,00 MW |
| Správa majetku Města Velešín, s.r.o. - Plynová kotel | Velešín | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,1 t | 5,49 MW |
| Josef Bartoš - pila | Hořice na Šumavě | 2 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,1 t | nevykázán |
| Jednota družstvo spotřebitelů v Kaplici - Střítež, N | Střítež | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,0 t | 0,49 MW |
| Technické služby Kaplice spol. s r.o. - Skládka Buko | Malonty | 1 | methan 8,0 t | nevykázán |
| Služby města Český Krumlov s.r.o. - skládka Pinskrův | Český Krumlov | 1 | methan 5,8 t | nevykázán |
| Kámen a písek s.r.o. - kamenolom Plešovice | Zlatá Koruna | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 5,7 t | nevykázán |
| KAMENOLOMY ČR s.r.o. - kamenolom Kaplice | Kaplice | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 2,0 t | nevykázán |
| Stavební prodej J+k, Betonárna Netřebice | Netřebice | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,6 t | nevykázán |
| STANEST pila | Horní Planá | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,3 t | nevykázán |
| ERTL Milan s.r.o. - zástupná provozovna Jihočeský Kr | Kaplice | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,3 t | nevykázán |
| KAMENOLOMY ČR s.r.o. - kamenolom Bližná | Černá v Pošumaví | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,2 t | nevykázán |
| ČR Beton Kaplice | Kaplice | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,2 t | nevykázán |
| ČR Beton - betonárna Frymburk | Frymburk | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,2 t | nevykázán |
| Prefa Hubenov s.r.o., provozovna Hubenov | Kaplice | 1 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,2 t | nevykázán |
| FRONIUS ČR s.r.o. - výrobní závod Český Krumlov | Český Krumlov | 1 | organické látky vyjádřené jako cel 0,1 t | nevykázán |