| MOTOR JIKOV Slévárna a.s.- Divize Tlaková slévárna | České Budějovice | 14 | tuhé znečišťující látky (TZL) 3,8 t | nevykázán |
| MOTOR JIKOV Strojírenská a.s.- Divize Tlaková slévár | České Budějovice | 13 | tuhé znečišťující látky (TZL) 3,9 t | nevykázán |
| Mikrona holding s.r.o. - Týn nad Vltavou, Předčická | Týn nad Vltavou | 10 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,2 t | nevykázán |
| HELUZ cihlářský průmysl a.s. - Cihelna Dolní Bukovsk | Dolní Bukovsko | 7 | oxid uhelnatý (CO) 15,8 t | 4,45 MW |
| Wienerberger s.r.o. - závod 22 Týn nad Vltavou | Týn nad Vltavou | 6 | oxid uhelnatý (CO) 17,2 t | 2,06 MW |
| Pohřební ústav města České Budějovice, příspěvková o | České Budějovice | 6 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,5 t | 0,39 MW |
| ČEZ, a.s. Jaderná elektrárna Temelín | Temelín | 5 | oxid uhličitý 2 914 t | 242,96 MW |
| Teplárna České Budějovice, a.s. - Novohradská ulice | České Budějovice | 5 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 160,9 t | 384,80 MW |
| Lasselsberger s.r.o, závod Borovany | Borovany | 5 | oxid uhelnatý (CO) 20,5 t | nevykázán |
| KOH-I-NOOR HARDTMUTH a.s. - základní závod | České Budějovice | 5 | těkavé organické látky (VOC) 3,8 t | 9,83 MW |
| SIGNUM spol. s r.o. - závod 07 Vráto - Provoz žárové | Vráto | 5 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 2,6 t | 4,06 MW |
| ŽPSV s.r.o. závod Nové Hrady | Nové Hrady | 5 | oxidy síry vyjádřené jako oxid siř 0,9 t | 0,95 MW |
| ELBH-CZ s.r.o. | Týn nad Vltavou | 5 | organické látky vyjádřené jako cel 0,3 t | 0,33 MW |
| Zemědělské obchodní družstvo Blata - Sedlec | Sedlec | 5 | organické látky vyjádřené jako cel 0,0 t | 1,20 MW |
| Teplárna České Budějovice, a.s. - výtopna Vráto | České Budějovice | 4 | oxidy síry vyjádřené jako oxid siř 135,4 t | 49,90 MW |
| E.ON Energy Solutions - Teplárna Mydlovary | Mydlovary | 4 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 67,3 t | 19,19 MW |
| E.ON Energie, a.s.- Teplárna Mydlovary | Mydlovary | 4 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 56,7 t | 19,19 MW |
| Tepelné hospodářství Města Trhové Sviny s.r.o. | Trhové Sviny | 4 | oxid uhelnatý (CO) 8,2 t | 16,55 MW |
| 1. Jihočeský drůbežářský podnik, s.r.o. | Dolní Bukovsko | 4 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 2,5 t | 0,81 MW |
| TECHNICOAT Czech Republic s.r.o. | Planá | 4 | těkavé organické látky (VOC) 4,6 t | 0,97 MW |
| KERN-LIEBERS CR spol. s r.o. - České Budějovice | České Budějovice | 4 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 3,2 t | 1,54 MW |
| Mondi Bupak s.r.o. - potisk, záložní zdroj | České Budějovice | 4 | těkavé organické látky (VOC) 1,2 t | 3,23 MW |
| GW JIHOTRANS , Pekárenská 77 ČB | České Budějovice | 4 | těkavé organické látky (VOC) 0,7 t | 0,39 MW |
| Porsche Inter Auto CZ spol. s r.o. - České Budějovic | České Budějovice | 4 | organické látky vyjádřené jako cel 0,6 t | 0,42 MW |
| ASPERA technology s.r.o. | České Budějovice | 4 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,0 t | 1,05 MW |
| KOVOTEX s.r.o. | České Budějovice | 4 | oxid uhelnatý (CO) 0,0 t | 0,33 MW |
| Zeměd.spo.Dubné-BPS | Žabovřesky | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 11,8 t | 3,17 MW |
| Štěpán Netík, BPS Jarošovice | Týn nad Vltavou | 3 | oxid uhelnatý (CO) 10,1 t | 1,99 MW |
| LB MINERALS s.r.o. - pracoviště Borovany | Borovany | 3 | tuhé znečišťující látky (TZL) 8,8 t | nevykázán |
| Jihočeská obalovna, spol. s r.o. | Planá | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 9,6 t | nevykázán |
| Magdalena Červenková BPS Koloměřice | Chrášťany | 3 | oxid uhelnatý (CO) 9,6 t | 1,90 MW |
| Pavel Červenka BPSKolomerice | Chrášťany | 3 | oxid uhelnatý (CO) 9,5 t | 1,90 MW |
| ČEVAK a.s. - ČOV České Budějovice | Hrdějovice | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 7,5 t | 2,90 MW |
| Head Sport s.r.o. | České Budějovice | 3 | těkavé organické látky (VOC) 10,5 t | 2,62 MW |
| VISCOFAN CZ s.r.o. | České Budějovice | 3 | těkavé organické látky (VOC) 7,8 t | nevykázán |
| KOOPRODUKT a.s. sušárna Dynín | Dynín | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 3,5 t | nevykázán |
| Altamire Č.Budějovice s.r.o. - povrch. úprava kovů H | Hůry | 3 | těkavé organické látky (VOC) 4,4 t | 0,83 MW |
| PCO - Lišov s.r.o. | Lišov | 3 | oxid uhelnatý (CO) 2,2 t | 0,99 MW |
| JihoTech Lakovna | Homole | 3 | těkavé organické látky (VOC) 3,1 t | 0,74 MW |
| Místní hospodářství obce Dříteň, spol. s.r.o. - kot. | Dříteň | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 1,7 t | 4,77 MW |
| 4RAIL - provozovna ČB | České Budějovice | 3 | organické látky vyjádřené jako cel 2,0 t | 1,64 MW |
| Miroslav Ladislav - Pila Heřmaň | Heřmaň | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,9 t | 1,06 MW |
| VITON s.r.o. - výroba barev | Planá | 3 | těkavé organické látky (VOC) 1,7 t | 0,35 MW |
| NEMA, spol. s r.o. - Byňov - Zpracování dřeva a Kote | Nové Hrady | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,8 t | 1,71 MW |
| BENTEX-Plast s.r.o. | Borovany | 3 | těkavé organické látky (VOC) 0,6 t | nevykázán |
| Skanska Asfalt s.r.o. - obalovna České Budějovice | České Budějovice | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,5 t | nevykázán |
| META skladovací technika s.r.o. - České Budějovice | České Budějovice | 3 | oxid uhelnatý (CO) 0,8 t | 0,40 MW |
| Kitzberger, spol. s r.o. - Hrdějovice | Hrdějovice | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,4 t | 0,43 MW |
| SPRÁVA MAJETKU - kotelna | Svatý Jan nad Malší | 3 | oxid uhelnatý (CO) 0,3 t | 0,35 MW |
| Zemědělské služby Dynín, a.s. | Dynín | 3 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,4 t | 2,35 MW |
| NEMA, spol. s r.o. - Olešnice | Olešnice | 3 | oxid uhelnatý (CO) 0,3 t | 0,34 MW |
| KUHN - MT s.r.o. | České Budějovice | 3 | těkavé organické látky (VOC) 0,6 t | nevykázán |
| TBG České Budějovice spol. s r.o. - betonárna Planá | Planá | 3 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,5 t | 0,40 MW |
| Jubilejní ZŠ Strýčice 13 kotelna | Strýčice | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,2 t | 0,49 MW |
| Europasta - Závod Boršov nad Vltavou | Boršov nad Vltavou | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,3 t | 3,60 MW |
| SINOP SMP s.r.o. | Homole | 3 | těkavé organické látky (VOC) 0,2 t | 0,40 MW |
| CEMEX betonárna České Budějovice | České Budějovice | 3 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,2 t | 0,31 MW |
| Austrotherm CZ s.r.o. - závod Dynín | Dynín | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,2 t | 4,07 MW |
| Bratři Zátkové SE (Pod Skálou 131) | Boršov nad Vltavou | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,2 t | 3,60 MW |
| Obec Chrášťany - kotelna ZŠ - Chrášťany | Chrášťany | 3 | oxid uhelnatý (CO) 0,1 t | 0,41 MW |
| PELZER INTERIÉRY - Provozovna Sedlce | Svatý Jan nad Malší | 3 | oxid uhelnatý (CO) 0,1 t | 0,47 MW |
| Zambelli - technik, spol. s.r.o. - kotelna Č. Budějo | České Budějovice | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,0 t | 0,42 MW |
| Globus České Budějovice - České Vrbné | České Budějovice | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,0 t | 1,76 MW |
| COLOP CZ s. r. o. | Borovany | 3 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 0,0 t | 0,33 MW |
| Jaromír Šnedorfer | České Budějovice | 3 | tuhé znečišťující látky (TZL) 0,0 t | nevykázán |
| Vladimír Trojan - České Budějovice | České Budějovice | 3 | organické látky vyjádřené jako cel 0,0 t | nevykázán |
| BPS Jarošovice | Týn nad Vltavou | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 16,0 t | 3,19 MW |
| František Janovský | Týn nad Vltavou | 2 | oxidy dusíku vyjádřené jako oxid d 14,1 t | 2,89 MW |
| Bioenergie Bioplynová stanice Olešník | Olešník | 2 | oxid uhelnatý (CO) 14,6 t | 1,74 MW |
| BP - PROFIT, spol. s r.o. - bioplynová stanice Chotý | Chotýčany | 2 | oxid uhelnatý (CO) 6,0 t | 1,35 MW |